Emre begon zijn carrière in 1996 bij Galatasaray. Na vijf jaar ging het richting Inter (2001-2005) en daarna naar Newcastle (2005-2008). De voorbije vier seizoenen was hij weer in Turkije aan de slag bij Fenerbahçe.
De 71-voudige international is de tweede aanwinst van Atletico, na de Uruguayaanse flankspeler Rodriguez van Porto.
De Spaanse club won dit seizoen de Europa League, met Thibaut Courtois in doel. De club wil de jonge keeper graag nog een jaartje lenen van Chelsea en Courtois is daar ook voor. Maar er is nog niks beslist.